Le clavier de 49 touches semi-lourdes gère l’aftertouch et possède 12 pads ressemblant à ceux d’une MPC. Ces derniers proposent la fonction 'Note Repeat’ et des paramètres de 'swing’. Le MK49 possède son propre arpégiateur permettant de créer rapidement des riffs.
72 contrôles sont assignables et des connecteurs autorisent l’ajout d’une pédale, d’un footswitch ou d’une molette de pitch bend et de modulation.