Non, ce n'est pas le fait que c'est en USB. Je ne bosse plus avec Nuendo donc je n'ai pas de réponse claire (désolé), mais à ta place je poserais la question sur un forum "Nuendo" sur AF, tu auras rapidement la réponse.
Il faut bien noter en entrée que tu es en mono , et choisir l'entrée dans ton panneau de configuration audio.