Au niveau du spectre qu'ils sont succeptible de délivrer.
un clavier de type synthétiseur a à peu près la possibilité de sortir n'importe quelle fréquence (infrabasses ->ultraaigus) ce n'est pas le cas d'une guitare.
de plus un ampli guitare colorera le son alors que dans le cas d'un synthé on cherchera pluto la neutralité (encore que)
Comme l'a dit Kubii, c'est principalement dans la réponse en fréquence que l'ampli va être différent. Un autre point peut être aussi à mon avis le type d'entrée (micro pour une guitare et ligne pour un synthé). A part ça, le mieux serait peut être de comparer deux amplis d'une même marque.