Etrange, chez moi avec Cubase 4 et 3 cartes son différentes (selon mes projets : FW410 M-Audio, Presonus V-Fire et parfois une UA25 Edirol) aucun problème de ce type.
Ca ne m'est arrivé que lorsque lors de mes changements de carte son, le driver par défaut Multimedia ou Direct X avait été chargé.
Même si ça n'a pas de rapport direct, as-tu coché dans Configuration des périphériques> MIDI> Configurations des ports MIDI, les options Utiliser marquage horaire système pour Windows MIDI et Utiliser marquage horaire système pour Direct Music ?
Sait-on jamais...mais je ne pense pas que ça ait d'influence sur ton problème. Désolé...