C'est normal, les fichier pro-tools sont des fichiers specifiques à pro-tools, tout comme ceux de samplitude ou de cubase etc...
Donc, comme je t'ai dis, tu exportes chaque pistes de pro-tools.
Aprés, peu importe le format puisque samplitude lit les deux.
AIFF est le format audio classique Mac, WAVE est le format audio classique PC.
Si j'étais toi, j'exporterai en wave.