Ah ben la différence tend à s'effacer de plus en plus avec les dernières versions des trackers.
La différence principales tient dans l'interface. Le mieux pour la saisir rapidement est de tester unhe démo d'un séquenceur : Sonar par exemple, et celle d'un tracker : Mod Plug Tracker ou un autre...
En gros dans un tracker traditionnel, on entre les notes avec le clavier du PC dans une grille qui défile verticalement. Pas de visualisation graphique des notes mais des chiffres (en hexadécimal, la joie). Dans un séquencer, c'est plus graphique avec des outils plus élavborés comme le piano-roll, ou l'éditeur de partition. Le défilement du curseur de lecture se fait horizontalement.
Au début de l'informatique musicale, les ordinateurs étaient très peu puissant et ne pouvaient pas gérer trop de données. Ils ont donc d'abors été utilisé, grâce à des séquenceurs, pour enregistrer des données MIDI et pour en envoyer à d'autres appareils (samplers, boîtes à rythme, etc...).
Quand la puissance des ordinateur a augmenté, cela a permi de faire de l'enregistrement audio sur PC et de gérer des fichiers audionumérique en temps réel. de simplement MIDI, les séquenceurs sont donc devenus MIDI et audio.