Bon j'ai fini par resoudre mes problemes de defragmentation avec O&O defrag et un peu de lurkage google. La couille c'etait un fichier journal de windows qui etait fragmenté en 6 ou 7000 morceaux un peu partout sur le disque dur et qui empechait de defragmenter efficacement. J'ai verifié que je ne risquais rien à le virer et hop.
Si t'as pas un logiciel de defrag vraiment top (genre un de ceux que hon a cité ou O&O) à ta place je n'essayerais pas en dessous des 15-20 %. Sinon deplacer temporairement les tres gros fichiers sur une clé usb ou un autre DD ça peut fonctionner je pense (c'est eux qui font chier en general).