par "problème de doigts" j'entendais la rapidité/agilité à mouvoir les doigts . Mais visiblement ce n'est pas le problème qui vous occupe.
Si j'ai bien compris vous n'arrivez pas à vous repérer / compter les doubles quand vous les jouez. Mon conseil n'engage que moi mais je pense qu'il faut solfier à haute voie en battant la mesure dans un premier temps jusqu'à arriver au bon tempo ( d'abord 1 mesure, puis 2 , puis 3 etc ....) puis passer à la flûte et compter les doubles ( 1,2,3,4 - 1,2,3,4 etc ...) dans sa tête en même temps qu'on les jouent.
J'espère avoir cerné votre problème et y a voir répondu au mieux.