Même avec l'épisode I on n'a aucun soupçon sur l'identité du père bio d'Anakin.
L'histoire de Darth Plagueis est bien décrite dans un (voire des) romans de l'UE.
On y apprend que lui et Sidious (qui était encore son apprenti) se sont livrés à des manipulations sur les midichloriens, dans le but de mettre une humaine enceinte sans l'intervention d'un mâle.
Lorsque l'épisode III sort, ces connaisseurs de l'UE, attentifs, remarquent quelque chose de fugace mais bien réel lorsque Palpy raconte à Anakin, à la salle de spectacle de Coruscant, l'histoire de Plagueis:
Cela se passe à la seconde 33 : Palpy lance un regard appuyé à Anakin quand il lui dit "he could use the force to influence the midichlorians and create LIFE"
C'est à ce regard-là que les "connaisseurs" comprennent alors que Schmi est la femme manipulée par Plagueis, et que donc le "père" d'Anakin est en quelque sorte Plagueis.
je crois qu'à aucun moment dans les films il n'est fait mention que le maître de Sidious était Plagueis.