(Astuce: pour mettre la main sur des logiciels libres, pas forcément pour Linux, je trouve toujours mon bonheur sur Sound & MIDI Software For Linux pour la MAO et/ou SourceForge plus généralement)
Je suppose que si tu cherches juste à transmettre les fichiers SysEx dans le pédalier, c'est que tu as de quoi les générer? Tu utilises un de ces éditeurs gratuits pour Windows, en les émulant avec Wine? Sinon sur la page officielle du pédalier on peut trouver de la documentation sur son implémentation SysEx, qui a dû certainement servir aux auteurs de ces éditeurs Windows.
J'aimerais voir sortir un éditeur GPL multi-plateforme, basé par exemple sur wxWidgets pour l'interface graphique et PortMidi pour la gestion et communication MIDI (je ne suis pas sur que la gestion du SysEx est fonctionnelle à 100% sur toutes les plateformes avec cette librairie). Alternativement, basé sur d'autres librairies, il existe JSynthLib aussi multi-plateforme car programmé en Java: ça me semble utilisable, mais la première fois que j'ai installé le runtime Java sous Linux, je n'arrivais rien à faire fonctionner, car je ne savais pas comment déclarer les paths...
Je conserve mon pédalier pour essayer un jour de contrôler SooperLooper, un clone virtuel du sampler / looper Echoplex; et l'enregistrement par les pieds tout en jouant de la guitare. Quelque soit la solution envisagée pour configurer le pédalier (à la main c'est pas interdit non plus), faudra bien que ça se fasse un jour! Reste à trouver le temps...