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Virus vivant ou pas
Le débat sur le caractère vivant ou inerte des virus reste encore aujourd’hui ouvert,,. Répondre à cette question exige de répondre au préalable à une autre : qu’est-ce que la vie ? D’après Ali Saïb, la notion du vivant est une notion dynamique, évoluant en fonction de nos connaissances. En conséquence, la frontière entre la matière inerte et le vivant est tout aussi instable. L'existence ou non d'un métabolisme, c'est-à-dire d'un ensemble cohérent de processus chimiques (l'homéostasie et non la reproduction), constitue un discriminant possible, en tout cas commode, mais qui semble réducteur.

Comme les cellules vivantes, les virus possèdent un acide nucléique (ADN ou ARN) et des protéines. Cependant, selon la définition du biochimiste Wendell Stanley, les virus ne sont pas des êtres vivants mais de « simples » associations de molécules biologiques, le fruit d’une auto-organisation de molécules organiques. François Jacob insiste aussi sur cette caractéristique des virus : « Placés en suspension dans un milieu de culture, ils ne peuvent ni métaboliser, ni produire ou utiliser de l’énergie, ni croître, ni se multiplier, toutes fonctions communes aux êtres vivants ». Les virus n'ont pas leur propre machinerie enzymatique, ne peuvent se multiplier qu’en utilisant celle d’une cellule qu'ils infectent. De plus, les virus contiennent bien un acide nucléique, de l’ADN ou de l’ARN, mais pas les deux à la fois, à la différence des cellules vivantes (sauf les mimivirus).

En revanche, Gustavo Caetano-Anollés (en) et Arshan Nasir (du laboratoire de bio-informatique évolutionnaire à l'université de l'Illinois, Etats-Unis) défendent une tout autre thèse. Ils avancent que, à coté des trois grandes "branches" du vivant (classiquement regroupées sous le nom de domaines) archées, bactéries (procaryotes) et eucaryotes, les virus en constitueraient une quatrième. Ils seraient la résultante de cellules ayant précédé le dernier ancêtre commun universel (Last Universal Common Ancestor, acronyme LUCA) des trois autres domaines. Pour avancer leur théorie les deux chercheurs se basent, non sur les séquences génétiques, mais sur les structures 3D des protéines qu'elles produisent. Depuis 1990, ils ont analysé 11 millions de protéines produites par 3 460 espèces de virus et 1 620 espèces de cellules appartenant aux trois domaines ; ils affirment ainsi pouvoir retracer l'histoire évolutive de ces structures ; les protéines ayant des structures proches seraient issues d'un même ancêtre hypothétique,.

Si cette hypothèse est encore minoritaire, Patrick Forterre, biologiste spécialiste de l'évolution, considère qu'elle a le mérite de Favoriser le retour des virus dans la mire des évolutionnistes, alors qu'ils en étaient les grands absents.

Des entités intermédiaires
Mimivirus
Au cours des dernières années, des entités intermédiaires ont été découvertes : le mimivirus, infectant une amibe, possède dans son génome 1 200 gènes (davantage que certaines bactéries). Certains de ces gènes participeraient à la synthèse protéique et à des mécanismes de réparation de l’ADN. Il existe chez le mimivirus une trentaine de gènes présents habituellement chez les organismes cellulaires mais absents chez les virus.

Virus ATV
Le virus ATV d’archées présente lui aussi des caractéristiques étonnantes : ce virus en forme de citron présente la particularité de se modifier en dehors du contexte cellulaire par un mécanisme actif. Il est capable de s’allonger à chaque extrémité à une température de 80 °C, température à laquelle vit son hôte Acidianus à proximité des sources hydrothermales. Néanmoins organes et échanges cycliques, donc métabolisme, restent absents.

le mimivirus

Tous les virus ne sont pas plus petits que toutes les bactéries, crois-je savoir.