Le principe, c'est surtout d'avoir le moins de ventilateurs possible, donc privilégier un refroidissement passif quand c'est techniquement et financièrement envisageable. Les radiateurs sont souvent énormes et lourds, mais le silence est à ce prix.
Comme il reste toujours des ventilateurs, qu'ils soient de diamètre elevé (120x120 et au-delà) pour offrir un débit suffisant à très faible vitesse de rotation (donc nuisance sonore moindre et plus supportable qu'une turbine hurlante). Basse vitesse obtenue avec un potentiomètre type Fanmate, un montage en 5 ou 7 volts au lieu de 12, voire idéalement avec les fonctionnalités de thermorégulation courantes sur les carte-mères et les alimes pas trop anciennes (ex: QFan chez Asustek).
Pour du passif ou du pas trop bruyant, cf. la gamme Zalman, par exemple.
Enfin, côté disque durs, d'abord éviter d'en avoir 3 ou 4, même si les fabricants ont fait d'énorme progrès ces dernières années (mention spéciale au Seagate Barracuda ATA IV - inégalé à ma connaissance). Un montage souple sur silent-blocks pour les découpler (élimination des vibrations), adaptable ou tel que dans les boîtiers Antec style Sonata, et hop.
« What is full of redundancy or formula is predictably boring. What is free of all structure or discipline is randomly boring. In between lies art. » (Wendy Carlos)