En 2001-2002, le club est de retour dans l'élite. Tombeur en championnat du Bayern Munich (2-1), tout juste vainqueur de la coupe intercontinentale, le club se surnomme de lui-même "Weltpokalsiegerbesieger" ((fr) : vainqueur du vainqueur de la Coupe Intercontinentale), ce qui ne l'empêche pas d'être relégué en fin de saison et de tomber en Regionalliga Nord (troisième échelon du football allemand) un an plus tard.
Rien que pour avoir donné un coup de pieds au cul au bayern.
Sankt Pauli bien sur.