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En 1976, après être devenu directeur de l'IPGP, il préconise, lors du réveil du volcan la Soufrière en Guadeloupe, le maintien de l'évacuation d'urgence de la population décidée par le préfet par crainte d'une éruption avec nuées ardentes. Cette affaire provoqua une polémique durable avec le volcanologue Haroun Tazieff qui avait diagnostiqué une éruption phréatique6. Une violente polémique opposa Haroun Tazieff à Michel Feuillard, directeur de l'observatoire volcanologique de la Guadeloupe, et à Claude Allègre, alors supérieur de ce dernier à l'IPGP mais sans experience volcanologique propre. Feuillard, Allègre (et le professeur Brousse, sur place) se fondant sur des analyses alarmantes montrant de la présence de magma frais dans les laves et cendres recueillis après les éruptions du volcan, conseillaient l'évacuation de 70 000 habitants proches, tandis que Tazieff, de retour d'un déplacement en Équateur, et se fondant sur son expérience de terrain après une visite sur le site, affirmait que le volcan n'avait pas de magma frais, et que, cette fois, il allait donc se calmer sans aucun risque de nuées ardentes. Des mots peu aimables furent échangés, mais dans le doute les pouvoirs publics préférèrent évacuer. Finalement, les analyses montrant la présence de magma frais s'avérèrent erronées, et la Soufrière n'explosa pas, confirmant l'expertise de Tazieff. Les seuls dégâts furent économiques

L'hebdo satirique Le Canard enchaîné crée une polémique à propos de la déclaration suivante d'Allègre, le 21 février 1999, dans l'émission Public de TF1 « Vous prenez un élève, vous lui demandez une chose simple en physique : vous prenez une boule de pétanque et une balle de tennis, vous les lâchez, laquelle arrive la première ? L'élève, il va vous dire la boule de pétanque. Eh bien non, elles arrivent ensemble, et c'est un problème fondamental, on a mis 2 000 ans pour le comprendre. Ça, c'est des bases, tout le monde doit savoir ça. » Suivent une série d'articles du Canard enchaîné reprochant à Claude Allègre de confondre « chute dans le vide » et « chute dans l'air », avec des réponses de Claude Allègre, qui s'obstine, jusqu'à ce que l'hebdomadaire sollicite l'avis de Georges Charpak (prix Nobel de physique)28. Le prix Nobel de physique donnant tort à Claude Allègre, la polémique s'éteint.

Y en a toujours eu des "monsieur science" incompétents, spécialistes en tout. Avant y avait un binoclard j'ai oublié son nom, il était gratiné, vendu au lobby nucléaire.