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En 1993, Paul Watson est arrêté au Canada à la suite d'actions contre des bateaux de pêche espagnols et cubains au large de Terre-Neuve.[réf. nécessaire] En 1997, la justice norvégienne le condamne, par contumace, pour avoir tenté de couler par sabotage le navire norvégien de pêche au requin Nybrænna en 1992. Cependant, les Pays-Bas refusent de l'extrader en Norvège, alors qu'il vient de passer 60 jours en prison[35].

Le 13 mai 2012, il est arrêté à l'aéroport de Francfort-sur-le-Main à la suite d'un mandat d'arrêt émis par le Costa Rica portant sur des faits datant de 2002, après la requalification des charges retenues contre lui en 2011 : il ne s’agit plus de contravention à la réglementation maritime mais de tentatives d’homicide[36],[37]. Le 18, il est libéré sous caution de 250 000 euros[38], et il est alors assigné à résidence et doit se présenter chaque jour au commissariat de police[36].

Watson cesse de se soumettre à ce contrôle le 22 juillet. Il se rase la moustache, porte une perruque[34] et rejoint un bateau qui file vers la haute mer pour fuir, ne voulant pas être extradé vers le Japon à la suite d'une demande d’arrestation et d’extradition envoyée par l’ambassade du Japon à Berlin au ministère allemand des affaires étrangères le 19 juillet[36]. Le 7 août 2012, Interpol met à jour la notice le concernant à la suite de sa fuite d'Allemagne en émettant une notice rouge, relayant ainsi le mandat d'arrêt du Costa Rica[36],[39]. Le 14 septembre, Interpol émet une nouvelle notice rouge à la demande des autorités japonaises pour deux incidents intervenus dans l'océan Antarctique en février 2010[40]. Le 4 novembre, il apparaît sur le Steve Irwin, en route vers l’Antarctique pour affronter les baleiniers japonais[41]. Le 1er novembre 2013, Paul Watson annonce avoir débarqué le 28 octobre aux États-Unis pour témoigner au procès à Seattle sur l'action de Sea Shepherd en Antarctique contre les baleiniers japonais ; selon Sea Shepherd, il est resté en haute mer depuis sa fuite d'Allemagne[42].

Le 21 juillet 2024, il est arrêté au Groenland par les autorités danoises en raison de la notice rouge émise par le Japon à son encontre en 2012. Son arrestation est annoncée par Sea Shepherd. L'organisation critique cette décision, arguant qu'« après avoir été mise en ligne pendant des années, la notice avait récemment disparu du site internet d'Interpol, laissant croire à Paul Watson et à ses avocats qu'il était désormais libre de ses mouvements »[43].

Certains médias ainsi que les adversaires des écologistes considèrent Paul Watson comme un pirate ou un « écoterroriste », thème de plus en plus en vogue à mesure que les polémiques environnementales s'accentuent. Des militants écologistes comme Steven Guilbeault ou Hubert Reeves estiment qu'il donne une mauvaise image de leur combat[30] et certains de ses anciens compagnons de lutte de Greenpeace ont pris leurs distances avec lui, comme John Fritzell, directeur de Greenpeace qui l'a traité publiquement d’irresponsable[31]. Dans une interview donnée au Los Angeles Times[réf. incomplète], Jim Bohlen, autre cofondateur de Greenpeace, va même jusqu'à le dénigrer.

Paul Watson est critiqué par les associations de défenses des droits indigènes pour avoir protesté contre l'autorisation donnée à la tribu Makah de pêcher des baleines, dans l'État de Washington.

Le 4 avril 2008, ses propos au sujet de la mort accidentelle de quatre chasseurs de phoques durant le remorquage de leur navire par les gardes-côtes canadiens créent une controverse. Un communiqué de Sea Shepherd énonce « la mort de quatre chasseurs de phoques est une tragédie mais […] le massacre de centaines de milliers de bébés phoques est une tragédie encore plus importante[32]. » Des habitants et pêcheurs des îles Saint-Pierre et Miquelon choqués de cette déclaration chassent alors Paul Watson et l'équipage du Farley Mowat de l'archipel. Il a d'ailleurs traité les chasseurs de phoques de « singes armés de gourdins qui terrifient des bébés phoques impuissants »[33].

Le photographe Pierre Gleizes dénonce les actions contre-productives de Paul Watson

Je pense que ça valait pas le coup de lui faire de la "promo".
Je dit ça sans agressivité hein, mais ce truc aurait pu rester dans le néant duquel il est issu.

Là bas tu sais quand tu rentres en prison mais tu sais pas quand tu en sors